Alguns teólogos têm mantido discordâncias a respeito da verdadeira identidade de São Tomé. Tomé não é propriamente um prenome, mas sim a palavra equivalente a gêmeo, vindo do aramaico Tau'ma (תום), e posteriormente traduzida para o grego Didymus. Essa palavra aparece composta com o prenome Judas nalguns trechos bíblicos. Muito se discute de quem esse Judas Tomé seria irmão gêmeo. Outros, inclusive, acreditam se tratar de Judas Tadeu, irmão de Tiago Menor, tendo-se confundido-o com uma terceira pessoa apenas porque seu nome teria aparecido com a alcunha Gêmeo algumas vezes em vez de Tadeu. Essa suspeita é reforçada por não haver um consenso histórico sobre quem seriam verdadeiramente os doze apóstolos, havendo indicativos no Novo Testamento sobre outros possíveis seguidores escolhidos por Jesus para ser um dos doze.
Fato é que a tradição católica e ortodoxa, bem como fortíssimos indícios indianos dos católicos nativos de Malabar apoiam a existência deste apóstolo, sua missão evangelizadora e seu martírio. De fato, no século XVI os portugueses que chegaram à região descobriram a cripta do santo e suas relíquias, inclusive um pedaço da lança com a qual fora morto com o sangue ainda coagulado. Acrescente-se a isto que todos os antigos martirológios mencionam a ida de São Tomé à Índia, sua pregação e seu martírio, transpassado por uma lança empunhda por hindus.[carece de fontes?]
Um fato recente e muito curioso foi quando do tsunami de dezembro de 2004 que devastou toda aquela região: o templo que guarda suas relíquias ficou imune às ondas gigantescas que destruíram todas as construções adjacentes, tendo permanecido intacto. Uma antiga tradição afirmava que um poste fixado pelo apóstolo limitaria até o fim dos tempos as águas, que jamais o ultrapassariam.
