O feudalismo trouxera muita opressão aos camponeses, os quais haviam pedido uma reforma desses abusos com base na autoridade das Escrituras. Quando Lutero leu os “Doze Artigos” dos camponeses, reivindicando os seus direitos econômicos e religiosos, dirigiu-se aos príncipes dizendo que o seu pedido era justo e pediu-lhes para reduzirem os encargos do povo. Por outro lado, tentou convencer os camponeses a serem pacientes. Entretanto, os camponeses começaram a ficar desordeiros e armaram-se para a luta.
Lutero começou a perceber que aquele movimento social podia prejudicar a Reforma. Em vista disso pediu aos príncipes para que pusessem fim à desordem. Eles agiram com a força e massacraram cerca de cem mil camponeses. Considerando esta ação uma traição de Lutero, os do Sul abandonaram-no e permaneceram na Igreja Católica. Os príncipes católicos culparam Lutero de ser causador da rebelião e proibiram a pregação da Reforma em seus territórios. Estes acontecimentos obrigaram Lutero a desenvolver uma organização e uma liturgia própria para os seus adeptos do Norte.
Na Dieta de Spira, em 1526, foi estabelecido que os cidadãos de cada estado eram livres para seguir a fé que o seu príncipe achasse correta. Desta permissão resultou um rápido crescimento do luteranismo. Porém, numa segunda assembléia, na mesma cidade, em 1529, compareceram em maioria os príncipes católicos e, perante Carlos V, revogaram a decisão anterior, declarando a Fé católica a única legal, impedindo, desta maneira, o ensino luterano em todos os estados. Os príncipes luteranos reagiram imediatamente, lendo um manifesto em que protestavam contra tal atitude. Em virtude daquele protesto, os católicos passaram a chamá-los de “protestantes” até o dia de hoje.
Considerando os acontecimentos, Carlos V pediu que lhe apresentassem uma exposição ordenada dos assuntos em discussão. Esse documento, preparado por Melanchton, foi apresentado na Dieta de Augsburg e ficou sendo conhecido como a “Confissão de Augsburg”, a qual passou a reger os luteranos.
Então, os príncipes luteranos reuniram-se em Schmalkald e decidiram organizar-se para difundirem a sua Fé. Esse acordo é chamado a Liga de Schmalkald (1531) cujo propósito era resistir ao provável edito imperial. O luteranismo progrediu no Norte, enquanto o Sul permanecia católico. A separação de Roma tornara-se então definitiva e logo foram estabelecidas novas normas para a ordenação de futuros pastores.
As lutas religiosas só terminaram com o acordo de paz efetuado em Augsburg em 1555. Esse acordo reconheceu os mesmos direitos a ambas as partes. Isto é, católicos e protestantes podiam seguir a religião do príncipe da sua escolha. Aos dissidentes foi reconhecido o direito de emigrar.
