Lutero encontrou apoio na sua Universidade e no soberano príncipe Frederico, o Sábio. No princípio o eleitor defendeu Lutero mais por questões de justiça do que pelas suas ideias; mas posteriormente foi convencido que o monge tinha razão. Além disso, ele não apreciava que os italianos se metessem nos assuntos dos alemães. Era o nacionalismo em despertamento.
Lutero encontrou, também, em Filipe Melanchton, um aliado valioso. Tinha ele 21 anos quando chegou a Wittenberg, em 1518, para ensinar grego na Universidade. Conhecedor das línguas clássicas e do hebraico, tornou-se o teólogo da Reforma, defendendo lealmente, com outros, as opiniões de Lutero. Todos eles reconheceram a Bíblia como a única autoridade em matéria de teologia, fé e moral.
O erudito Filipe Melanchton, companheiro de Lutero durante 30 anos, foi o autor do primeiro tratado teológico da Reforma, que saiu em 1521. Atingiu inúmeras edições durante a sua vida e fez dele o teólogo do Movimento Luterano.
Durante os primeiros meses de 1519 Lutero dedicou-se a estudar a história dos papas e encontrou bases para justificar a sua dúvida sobre a autoridade papal. O estudo da Bíblia convencera-o da justificação pela fé. O estudo do papado convenceu-o de que o papa não tinha recebido o direito de ser a cabeça de todas as igrejas.
Posteriormente, Lutero foi convencido para uma discussão pública com o brilhante orador e teólogo conservador John Eck, em Leipzig, no mês de Julho de 1519. Eck, com a sua argúcia, conseguiu levar Lutero a admitir a falibilidade de um concílio geral e a confessar a sua relutância em aceitar as decisões papais sem as questionar, assim como a admitir que “entre as crenças condenadas de John Huss e seus discípulos existem muitas que são verdadeiramente cristãs e evangélicas e que a Igreja Católica não pode condenar”. Esta parcial identificação com as doutrinas hussitas alegrou Eck com uma possível vitória sobre Lutero. Seria o princípio do fim para ele. Mais tarde, em Fevereiro de 1520, escreveu ironicamente num dos seus panfletos: “Somos todos hussitas sem o saber. São Paulo e Santo Agostinho são hussitas”.
Em 1520, Lutero resolveu publicar três panfletos a fim de levar o assunto ao conhecimento do povo alemão. Em “Apelo à Nobreza germânica” atingira a hierarquia romana, demolindo, à luz das Escrituras, os argumentos papais de que a autoridade espiritual era superior à temporal, de que somente o papa poderia interpretar as Escrituras, e que somente ele poderia convocar um concílio. Para Lutero, os príncipes poderiam, caso fosse necessário, reformar a Igreja, o papa não deveria interferir nos assuntos civis, e os crentes tinham o direito de eleger os seus sacerdotes. Em “O Cativeiro Babilónico” desafiou o sistema sacramental romanista limitando a três os sacramentos válidos, Batismo, Santa Ceia e Penitência, ou confissão privada. No terceiro panfleto, “Sobre a liberdade do Homem Cristão” atingiu a teologia romana ao reconhecer o sacerdócio de todos os cristãos como resultado da sua fé em Cristo.
Após longas controvérsias sobre os ensinamentos e publicações, Lutero foi, finalmente, excomungado por bula do papa Leão X, em Junho de 1520. Entretanto, as suas publicações alimentaram as chamas duma fogueira em Colónia. A dita bula foi recebida como um desafio e classificada como “bula execrável do anticristo”. Como resposta, aos 10 de Dezembro, perante uma assistência de professores, estudantes e povo, Lutero queimou a bula juntamente com cópias do Direito Canónico e outros decretos papais. Este ato marcava a renúncia definitiva de Lutero à Igreja Romana.